本发明涉及一种含水通道蛋白的磷脂仿生膜的制备方法，利用层层组装制备表面呈负电性的复合膜，再通过静电结合作用使包裹有水通道蛋白的正电性的磷脂囊泡溶液在复合膜上铺展形成磷脂双层膜。本发明通过层层组装制备含水通道蛋白的磷脂仿生膜，加入水通道蛋白后膜的通量比原来提高了4～5倍，约为16～28L/m²h(原膜水通量为3～5L/m²h)，对一价Na⁺的截留率提高到40％以上，对二价Mg²⁺的截留率提高到65％以上，可应用于水软化，废水处理等不同领域，具有广阔的应用前景。