本发明属于废水处理技术领域，涉及天然锰矿-微生物协同处理难降解微量有机污染物的方法。具体包括以下步骤：将废水由厌氧生物反应器底部输入反应器中，废水在厌氧生物反应器中自下向上流的过程中，经过生长着大量微生物的天然锰矿填料，在此过程中，天然锰矿中的Mn⁴⁺被当作电子受体，废水中的难降解微污染物被当作电子供体，在微生物(异化-Mn还原菌)的作用下，促进电子转移，从而使难降解微污染物得到降解，然后由厌氧生物反应器顶部出水。本发明的优点在于：工艺简单，易于操作；采用天然锰矿资源丰富，价格便宜，容易再生，出水不会产生二次污染；能耗低，水处理成本低等。