本发明属于水污染处理及防治领域，具体涉及一种生物质废料制备磁性微生物载体及其应用。本发明将洗净烘干后的木屑或花生壳等生物质废料破碎后用NaOH溶液或用H₂SO₄溶液浸泡后，抽滤并水洗，之后干燥，获得初步改性后的生物质材料；再将所得生物质材料加入到含有一定浓度的铁和/或镍离子的金属盐溶液中，在磁力搅拌器上搅拌一段时间并升温，然后边快速搅拌边缓慢滴加碱液至pH值>12，将溶液100℃水浴或烘箱中反应，然后过滤水洗；最后将生物质材料放入烘箱中，恒温固定一段时间至材料恒重，即得产品。本发明的磁性微生物载体可应用于重金属和多环芳烃类复合污染工业废水的处理，并且成本低、效果好。