本发明提供了一种区域含水层原位镀铁除砷方法，包括以下步骤：选定目标区域含水层，确定目标含水层的深度、渗透系数、地下水流速以及弥散系数，在目标区域的中心处设置中央抽水井，以中央抽水井为中心，将其四周的5m的区域内划定为工作区域，在工作区域的边界处设置四个注入井，将水泵置于中央抽水井中进行抽水，在四个注入井中分别采用注入泵将亚铁试剂注入到目标含水层中，再在四个注入井中分别采用注入泵将次氯酸钠试剂注入到目标含水层中，然后再注入水将次氯酸钠试剂完全压入目标含水层中。本发明提供的区域含水层原位镀铁除砷方法解决了背景技术中的不足，该除砷方法克能够实现显著提高除砷效果、降低除砷成本的目的。