本发明属于微生物应用领域和废水处理领域，公开了一种利用黄孢原毛平革菌处理柑橘罐头生产废水中果胶的方法，包括以下步骤：a.调节柑橘罐头生产废水pH值为3-7；b.向废水中加入黄孢原毛平革菌湿菌球，于28℃-37℃搅拌条件下进行处理，处理过程中搅拌速度为20-200rpm，反应时间不少于48h；c.反应完成后，沉淀分离出菌球，完成对柑橘罐头生产废水中的果胶处理。本发明具有操作条件简单、易于实施、应用范围广、所用菌球无需改造和预处理、成本低、处理效率高等优点。