一种用产酸废水异养培养小球藻的方法，它涉及一种培养小球藻的方法。本发明要解决现有微藻生产生物柴油成本高的问题。本发明的方法为：一、产酸废水首先采用中空纤维膜过滤，然后加入氮源、磷源和微量元素，混合均匀后，调节pH至6.8，灭菌得培养液；二、按体积百分比为10%~20%的接种量接种小球藻至培养液中，在培养条件为：0lux，30℃，120rpm的条件下，进行培养150~180h，即完成小球藻的培养。本发明异养培养微藻制备生物柴油提供了廉价的原料，降低了原料成本的同时实现了废弃物资源化。本发明应用于生物柴油制备领域。