本发明属于植物内生菌分离与微生物发酵工程领域，具体涉及一种分离可代谢粗榧生物碱菌株的方法。通过选取多年生粗榧的根、茎、叶作为外植体，经切条、灭菌后放入培养基中培养使其长出粗榧共生菌，然后对粗榧共生菌按照菌种不同进行分离并分别培养发酵，将发酵液浓缩后进行检测以确定其是否为可代谢粗榧生物碱菌株。本发明在发酵液的制备过程中待菌种产生代谢生物后再接入第二批菌种，利用前批菌种产生的代谢产物为第二批菌种提供营养物质，大大促进了第二批菌种的生长，同时提高了其生物活性，从而产生大量发酵液，在便于菌种筛选的同时提高其准确性。