本发明公开了一种农田面源污染阶梯式潜流坝生态净化沟渠系统，该系统的沟体断面为梯形，沟渠两侧的沟壁及沟底设置有防渗砌块，砌块中间为六边形孔的结构，其上种植有植物，周边铺有卵石及纤维；沟体内每间隔10～20m的位置设置有潜流坝，距离潜流坝上游1m处设置有拦截板，拦截板的下部设置有小孔；潜流坝的坝体迎水一面设置有细格滤网，坝体下部设置有砾石、陶粒为填料的填料层，且填料颗粒沿水流方向逐渐变细，上部设置有粘土层，粘土层上种植有植物。本发明解决了生态工程占地过多的问题，具有处理效能高、应用范围广、景观效果好等特点，不但保证了正常水位下水体得到全断面的净化，同时也不妨碍大雨量期间正常的排水泄洪功能。