本发明属于环保技术领域，具体涉及一种用于削减纳米材料对污水除磷脱氮系统不利影响的方法。本发明主要通过将有机废物厌氧转化为含丙酸和蛋白质的溶液，采用发酵所得溶液调节待处理污水的碳源组成，实现污水除磷脱氮功能微生物结构的定向调控，从而大幅削减纳米材料对污水生物处理过程的不利影响。本方法具有操作简便，削减效果显著等优点。在适合的工艺条件下，本方法可实现对纳米材料所导致的除磷和脱氮不利影响的削减率分别达到80%和60%以上。