本发明涉及一种基于生态基流调控的多级湿地净化系统。本发明的目的提供一种基于生态基流调控的多级湿地净化系统，对不同工况下进入湿地的河道天然来水进行调控。本发明技术方案：基于生态基流调控的多级湿地净化系统，其特征在于：包括布置于河道内的分水建筑物，以及位于该分水建筑物下游、且并排布置的湿地综合净化区和湿地森林区；其中分水建筑物包括位于湿地综合净化区入口处的净化区分水闸、位于湿地森林区入口处的森林区冲砂闸，以及与净化区分水闸、森林区冲砂闸连成整体横亘于河道上的冲砂闸和溢流坝；所述湿地综合净化区的高程低于湿地森林区，且两者之间设置侧渗系统实现水体交换。本发明适用于生态环境工程技术领域。