本发明涉及一种棉浆造纸废水的深度处理方法。该方法包括以下步骤：使经过一级处理及二级处理后的棉浆造纸废水经过超滤膜进行超滤处理，得到超滤产水和超滤反洗排水；使所述超滤反洗排水进入废水一级处理设备再次进行处理；使所述超滤产水进入电吸附装置进行电吸附处理，得到电吸附产水和电吸附排水，所述电吸附产水回用于生产，所述电吸附产排水直接排放。本发明的棉浆造纸废水的深度处理方法采用“超滤+电吸附”的深度处理工艺，使废水的含盐量和有机污染物得到有效降低，悬浮物彻底去除，最终产水达到回用要求，最终排水不用再处理可直接排放。