本发明涉及一种利用经非离子型表面活性剂处理的真菌修复铀(VI)污染水体的方法。以典型的兼性海洋红树林内源真菌Fusarium sp.#ZZF51为材料，其菌丝体经过非离子型表面活性剂十六烷基三甲基溴化铵修饰后投放于含铀(VI)污染的水体中，修复铀(VI)污染水体，一段时间之后，将之打捞并进行集中处理。改性材料富集铀(VI)能力强，自投放后1-3h即可达到90%以上的去除率。改性材料浮于水体表面，易于打捞和集中处理。操作、管理简便、成本低、修复效率高，对环境友好，无二次污染等经济和技术优势。它适用于铀矿山、水冶厂以及各种废矿石和尾矿浸出液等各种铀污染水体的后期处理。