本发明公开了一种复合式沉水植物草皮的制作方法，首先是沉水植物草皮生长基质的制备，包括湖泥和未受污染土壤和细沙的处理；其次是草皮培养模具和植物生长框架结构的制备；第三是沉水植物移植体的处理，包括清理、修剪和植物生长激素浸泡；第四是草皮种植、培育和炼苗；最后将培育好的复合式沉水植物草皮运输至工地，固定于需要修复的水体底泥上。本发明快速高效制备草皮，沉水植物成活率高，沉水植物群落结构更为复杂，可实现规模化生产，草皮便于种植，节约人力提高施工效率。