本发明公开了一种地表水体污染底泥的原位修复方法，通过将硝酸盐溶液注入底泥利用硝酸盐去除底泥中的有机污染物并抑制底泥中磷的释放；再将活性覆盖材料投加到底泥-水界面上形成一层活性覆盖层系统，利用所形成的活性覆盖层系统控制底泥中释放出来的氨氮，并阻止孔隙水中硝酸盐向上覆水的迁移以防止上覆水的硝酸盐污染。通过上述技术方案本发明可实现对湖泊、河流等地表水体污染底泥的原位修复和底泥中氮磷和有机污染物的释放控制。