本发明公开了一种草甘膦废水中高浓度磷去除方法，其去除方法为：先向草甘膦废水中投加还原剂，然后再加入水解酶和辅酶把有机磷转化为无机磷；接着用碱调节pH值后投加无机高分子絮凝剂进行絮凝沉降；沉降后的废水中分别加入次氯酸钠，聚环氧琥珀酸和甘油醇，注入到高压容器内，并鼓入空气，维持总压在5.0～6.0MPa；最后打开容器通道把废水释放到水池中，形成白色雾状泡沫，在池子上部产生一层油腻状物质，用挂渣机机清除即可。该方法不仅不需在高温高压条件下，通过水解酶和辅酶的水解作用把有机磷转换成无机磷，而且投加的无机高分子絮凝剂具有选择性，对草甘膦废水中高浓度磷降到0.5mg/L以下，磷去除率为99.9％以上。