本发明公开了一种能够氧化Mn²⁺的锰氧化细菌，该细菌能够将水体中的Mn²⁺氧化生成不溶于水的锰氧化物。该Mn²⁺氧化细菌为恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)QJX-1菌株，保藏号为CGMCC No.6630。将本发明的恶臭假单胞菌QJX-1菌株用于自然水体中Mn²⁺的氧化，其操作温度(10-30℃)在常温范围，pH值(6.5-8.5)在中性范围，具有很高的Mn²⁺氧化效率。本发明还涉及去除水体或固体基质中Mn²⁺的方法，所述方法包括下述步骤：将本发明的锰氧化细菌或包含其的微生物菌剂接种到所述水体或固体基质中，在10-35℃，pH6.5-8.5的条件下培养适当的时间。