本发明公开了一种基于磁性纳米二氧化硅微粒固定化漆酶及其制备方法和在去除水体中污染物中的应用。基于磁性纳米二氧化硅微粒固定化漆酶的制备是先利用羰基铁为铁源，化学沉淀法合成磁性γ-Fe₂O₃纳米颗粒；以该纳米磁性粒子为核，正硅酸乙酯和硅烷偶联剂为硅源，利用溶胶-凝胶法制得表面氨基功能化的纳米核壳式磁性二氧化硅。以1-乙基-(3-二甲基氨基丙基)碳二亚胺为偶联剂，将漆酶以共价键键合在纳米核壳式磁性二氧化硅的表面，制得磁性纳米二氧化硅微粒的固定化漆酶。再以丁香酸、香草醛及丁香醛等化合物为漆酶介体，用于去除水体中污染物的方法。本发明的方法操作简便、成本低、处理工艺简单、去除效率高。