本发明公开了一种利用养殖水培育贝类苗种的方法，该方法是将微藻放入养殖塘中与虾类一起培养，然后将养殖塘中含有微藻的养殖水引入育苗池中用于培育贝类幼苗。本发明可以避免养殖塘中的水体富营养化造成环境污染，微藻培育量大，微藻生长繁殖迅速，可以满足大规模贝类苗种培育需要。