本发明涉及一种高黄酮含量马棘的培育方法，步骤包括：取马棘的成熟种子为外植体，诱导愈伤组织，继代培养至成倍增殖期，暗条件预培养，进行农杆菌共培养转化，转移到筛选培养基进行3轮筛选，取抗性愈伤组织诱导分化成苗，对抗性植株进行标记基因组织化学染色和筛选基因分子检测，鉴定含目的基因黄酮醇合成酶基因FLS插入序列的分化小苗，对入选的转基因植株进行叶片内黄酮含量检测，选留黄酮含量高于3%的转基因植株，继续种植评价黄酮含量的表达稳定性，繁殖黄酮含量稳定高于3%的优良株系。本发明的高黄酮含量马棘，可以进行黄酮生物提取发展新型保健食品添加剂和营养强化剂。