本发明属于辣椒育种技术领域，公开了一种制备雄性不育辣椒的方法。该方法包括如下步骤：S1.构建含有如SEQ？ID？NO:1~2所示CaMS1基因的重组RNAi干扰载体；S2.将S1得到的重组RNAi干扰载体转化农杆菌，得到重组农杆菌；S3.用重组农杆菌转染辣椒外植体，经培养获得转化植株，筛选得到雄性不育辣椒。该方法通过构建含有花药特异基因的重组载体，制备出花粉活力降低的材料，通过对该材料的改进与优化可进一步制备出辣椒雄性不育材料，对辣椒新品种的选育有重要价值。