本发明公开了一种安全、环保的菊苣叶绿体转化体系的建立方法，包括如下步骤：（1）菊苣叶片外植体的高频再生体系建立；（2）一种安全、环保的菊苣叶绿体定点整合表达载体的构建；（3）基因枪轰击法转化菊苣外植体，经三轮抗性筛选获得叶绿体转基因株系。本发明采用一种新型的安全选择标记基因PMI替代传统的抗生素标记基因aadA，构建叶绿体定点整合表达载体，建立菊苣的叶绿体转化体系，该体系具有筛选效率高、外源基因表达水平高、转基因植株的生物安全性强等优点。本发明不但拓宽了叶绿体转化的受体种类，而且为进一步通过该方法对菊苣进行遗传改良，或以菊苣叶绿体作生物反应器生产动物口服疫苗、医用蛋白等搭建技术平台。