本发明公开了一种转基因百脉根植物的培育及筛选方法，包括：（1）构建含有标记基因及目的基因的重组植物表达载体，将重组植物表达载体转化百脉根，获得转化外植体；（2）将转化外植体依次通过分化培养、选择培养和生根培养再生获得转基因百脉根植株；其中，所述的标记基因是磷酸甘露糖异构酶（PMI）基因；所述的选择培养或生根培养的培养基中含有甘露糖。本发明构建了以PMI为筛选标记基因的植物表达载体并将其以农杆菌介导法转化百脉根，结果表明以PMI作为筛选标记获得阳性转化率为23%，表明本发明所建立的生物安全的PMI/甘露糖筛选体系可取代传统的抗生素抗性标记应用于转基因百脉根植物的培育和筛选。