本发明属于人工养殖技术领域，具体涉及一种用于特种养殖的废热海水回用自动配水养殖系统及配水方法。该系统包括自动配水装置，配水池，水质调配系统控制器，安全监测装置和养殖池，所述自动配水装置与配水池有双向管道连接，原海水池、废热海水库、浅井凉水池、地表淡水池、深井热水池分别通过管道与自动配水装置连接，自动配水装置与安全监测装置之间有管道连接；配水池与水质调配系统控制器、安全监测装置、养殖池之间分别有管道连接；水质调配系统控制器与安全监测装置、养殖池之间有管道连接，养殖池与安全监测装置之间有管道连接。本发明实现了海产养殖全年生产和海水资源的多级深度利用。