本发明公开了一种多级阶梯式农业面源“好氧-兼氧”生态塘系统，该系统的入水口设置有节制闸及格栅，四周岸坡及底部设置有防渗砌块，防渗砌块的中央设置有凹槽并种植植物；通过两折流墙将生态塘分割为好氧区、浮床区和沉床区，所述浮床区和沉床区组成兼氧区，三个区域为阶梯式，具有不同水深；出水口设置有出水堰；浮床区的水面设置有生态浮床，其上面种植挺水植物；沉床区的水中设置生态沉床，其上面种植沉水植物。本发明提供了一种占地面积小、处理效率高、多模块组合的生物、化学一体化的水生动植物复合型生态塘系统。