本发明提供一种微生物絮凝剂和双氰胺甲醛树脂联合脱色剂及其制备和应用方法，包括Pannonibacter phragmitetus B7.菌株(其已保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏号为：CCTCC NO:M2013025)的发酵培养、微生物絮凝剂的提取和制备及微生物絮凝剂与双氰胺甲醛树脂的联合脱色剂，以及联合脱色剂在印染废水中的处理方法。本发明所采用的双氰胺甲醛树脂，带有高正电荷，能够高效的结合印染废水中的残余染料。所采用的微生物絮凝剂分布于发酵液上清，发酵工艺简单，微生物絮凝剂提取和制备方便。两种药剂联合使用，具有极好的协同作用，脱色率至少能达到90%。