本发明涉及河流生物修复领域，特别涉及一种用于流域生物修复的复合微生物制剂及制备和应用，所述的微生物制剂的活性成分包括纳豆芽孢杆菌，产朊假丝酵母，沼泽红假单胞菌按照体积份数比计1：1：1混合。将水处理微生物与沸石相结合，所得水处理综合制剂比重大于水，进入水体后很快沉入水底，不易被水流冲走，沸石作为微生物生长的载体，在吸附污染物质的同时还可为微生物提供一些生长所需的营养物质，附着在其上的微生物对污染物质的分解及合成代谢又使得沸石恢复吸附性能，形成一个良性循环过程，本发明所述菌剂能够同时适应淡水、海水环境，针对一些沿海城市河道，常会出现随季节变化河道水质呈淡水、海水交替的情况，对此类河道具有有效的生物修复作用。