本发明涉及一种船载海洋养殖系统，包括船体，所述船体内设有水舱，所述水舱的舷侧靠舭部设置有第一水平管道，所述第一水平管道内设有用于进水用的水泵和闸阀；所述水舱的舷侧靠水线设置有第二水平管道，所述第二水平管道中间设置有用于排水用的闸阀；所述水舱内设有可升降钢网平台和可升降分级格栅,所述水舱内设有水体净化系统和曝气增氧系统。本发明避免了成本越来越高的水处理；离岸距离足够远，可以使养殖用海水免受外界恶劣环境和污染的影响，保证了水产品安全和品质。船载海洋养殖系统的移动能力既可以选择水温合适、水质优良的海域进行养殖，又可以应急躲避台风，降低养殖风险。