本发明提供了一种基于双菌株/双质粒遗传转化柑桔的共转化方法，包括外植体预培养，农杆菌浸染步骤，其特征在于：预培养基础培养基为MS培养基，添加4mg/L？6-苄氨基腺嘌呤（6-？BA）、1mg/L吲哚乙酸(IAA)、100μM乙酰丁香酮（AS）。本发明填补了国内外柑桔多基因共转化的空白，解决了如何实现双菌株/？双质粒共转化柑桔的问题。