本发明公开了一种生物碳质复合多孔填料及其制备方法，属于生物碳质复合多孔填料领域。其包括依次执行的步骤：（1）将水稻秸秆、花生壳和椰子壳等生物质固体洗净风干并切割；（2）将上述颗粒固体加热热解；（3）将热解后的物质进行冷却，先进行氧化载铁改性，再进行微波改性；（4）用清水洗净、烘干并破碎即得到改性生物碳质固体；（5）将步骤（4）得到的改性生物碳质固体与造孔剂和粘合剂混匀，通过机械加工造粒，即为生物碳质复合多孔填料。本发明所述填料对磷吸附具有专一性，填料较大的孔隙率提高了微生物的附着率，从而提高对COD、NH₄-N的去除效率；同时本发明所制备的填料机械强度高，吸附饱和后可作为磷肥进行二次利用。