本发明公开了一种芒果茎段无菌系体系建立的方法，涉及植物组织培养领域。所述方法包括以下步骤：1)剪取芒果嫩枝茎段作为外植体预处理；2)灭菌；3)接种；4)白炽光照培养；5)二次灭菌；6)获取再生植株。本发明打破了传统的以体细胞胚发生途径获得芒果再生植株，同时能够传承母株的优良性状，获得大量芒果组培苗，实现了芒果茎段培养诱导无菌芽，达到快速繁殖的作用。