本发明涉及一种填充床电渗析器用于发酵废液中同电性阳离子NH₄⁺和Mg²⁺分离的方法，其特征在于填充床电渗析淡室中填充离子交换树脂，通过离子交换树脂对离子的选择性交换吸附及其对离子迁移传递的促进作用，实现同电性阳离子NH₄⁺和Mg²⁺的分离。与常规电渗析相比，采用本方法同电性阳离子NH₄⁺和Mg²⁺的分离比率可提高50％以上，可连续操作。本发明提出一种适用于发酵废液中同电性阳离子NH₄⁺和Mg²⁺分离的新方法，可解决常规电渗析存在同电性阳离子NH₄⁺和Mg²⁺的分离比率低，以及离子交换法需分批操作和产生大量酸碱废液等问题，促进NH₄⁺和Mg²⁺分离新技术的工程化应用。