本发明公开了一种微生物除臭剂，由重量百分比为1～5%的豆粕、0.25～0.5%的酵母膏、2～4%的糖蜜、30～40%的酵母菌液、20～30%的乳酸菌液、0.5～0.75%的芽孢菌粉以及30～36%的水组成，所述酵母菌液的含菌数为10～20亿个/ml,所述乳酸菌液的含菌数为10～20亿个/ml，所述芽孢菌粉的含菌数为80～100亿个/g。本发明还公开了一种微生物除臭剂的制备方法，包括煮料、冷却、调PH值、搅拌以及发酵等步骤。本发明的微生物除臭剂具有除臭效果好、成本低等特点，可广泛用于畜禽粪尿、污泥的除臭。