本发明属于水体净化领域，涉及二肽化合物bacilysin在抑制水华藻类生长繁殖中的应用。本发明基于短小芽孢杆菌NMCC46（CGMCC No3378）主要是通过分泌胞外物质的间接方式起到溶藻作用的发现，推测抑藻物质的成分，并对部分基因进行定点突变，明确对铜绿微囊藻有抑制作用的物质为二肽化合物bacilysin，这是二肽化合物bacilysin抑藻功能的首次报道，基于此功能，bacilysin可以用于控制水华现象。