本发明提供了一种用于城乡污染河道水体修复的微生物-酶复合制剂及其制备的方法。本发明涉及的修复城乡污染河道的微生物-酶复合制剂，微生物主要是由30-60%的地衣芽孢杆菌、25-35%的硝化细菌和15-35%的恶臭假单胞菌组成；复合酶主要是由40%-60%的蛋白酶、15-25%的淀粉酶和25%-35的纤维素酶构成。针对不同污染程度的水体，优化组合的微生物与复合酶复配为微生物-酶复合制剂，使得微生物的投加量为1-5g/m³，复合酶的投加量为0.01-0.05g/m³。该微生物-酶复合制剂投入到城乡污染河道水体中，以曝气为辅助措施，进行微生物强化修复，可有效改善现有技术存在的微生物代谢活性低、环境耐受力低、在污染水体中停留时间短等缺陷，具有显著的水质净化效果。