本发明纺锤形赖氨酸芽孢杆菌及利用其降解铜绿微囊藻的方法，属于环保水处理技术领域。提供了溶藻细菌TL，建议的分类命名为纺锤形赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillusfusiformis），保藏编号为CGMCC NO.6108。本发明还提供了利用纺锤形赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillusfusiformis）降解铜绿微囊藻的方法。本发明分离的溶藻细菌赖氨酸芽孢杆菌通过分泌胞外非蛋白酶杀藻物质间接溶藻和接触藻细胞直接溶藻两种作用方式发挥溶藻特性，对铜绿微囊藻具有较高的降解率，对于微生物法防治以铜绿微囊藻为优势藻种的蓝藻水华具有较广阔的应用前景。