本发明涉及一种工业循环水的生物净化方法，在循环水系统中设置生物降解反应器，生物降解反应器中以硝化细菌和反硝化脱氮菌剂作为接种物，至少部分循环水进入生物降解反应器进行生化处理，生物降解反应器出水进入循环水系统，反硝化脱氮菌剂中，含有沼泽考克氏菌（Kocuria palustris）FSDN-A，以及节杆菌（Arthrobacter creatinolyticus）FDN-1和水氏黄杆菌（Flavobacterium mizutaii）FDN-2中的一种或两种。与现有技术相比，本发明是采用生物处理方法，将微生物所需的营养源在循环水进装置前处理掉，使得循环水在循环过程中带入的微生物难以生存，进而控制微生物在循环水系统中的生长繁殖。