一种利用机械压缩蒸发结晶器系统进行废水处理的方法，属于工业废水处理技术领域。本发明的机械压缩蒸发结晶系统的储料罐与平衡罐连接，平衡罐与管式预热器连接，管式预热器与蒸发分离结晶装置、冷凝水罐连接，蒸发分离结晶装置与离心分离机连接，离心分离机与储料罐连接。处理方法为：将经预处理后的废水打进储料罐中，经平衡罐缓冲后进入换热器进行换热后，物料温度升高5-8℃进入蒸发分离结晶器中蒸发结晶，晶浆在离心机中进行高速分离，分离出的饱和溶液再回到蒸发结晶系统中进行蒸发，分离出的固体颗粒进行包装。本发明能达到国家规定的零排放、循环经济和废物利用的效果，蒸发出的蒸馏水达到国家一级排放标准。