本发明提供了一种河流湖泊重金属污染底泥原位覆盖方法及装置，其覆盖方法是先将铁尾矿投加到污染底泥表层，并搅匀，然后将水泥投加到底泥表层，搅拌均匀，形成固化的覆盖层；覆盖装置至少包括两个覆盖单元；各个覆盖单元串联连接在一起，相邻覆盖单元之间通过连接架连接在一起，连接架通过液压缸与起落架连接；覆盖单元包括框架、固定板、翻转板、电动搅拌机和进料口。本发明以铁尾矿颗粒和水泥为覆盖材料，可有效固定重金属，降低覆盖材料用量，避免过多投加覆盖材料导致河流或湖泊的有效容积降低，有效防止底泥再悬浮，有效阻隔深层底泥污染释放向上覆水体的迁移，减少了处理过程对上覆水体的不利影响。