本发明公开了酰胺酶基因cmeH及其编码的蛋白质及其应用。本发明酰胺酶基因cmeH全长为903bp，序列如SEQ ID NO.1所示，其编码产物酰胺酶CmeH含300个氨基酸，序列为SEQ ID NO.2。CmeH能降解氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-（2-乙基-6-甲基苯基）乙酰胺、除草剂敌稗。酰胺酶基因CmeH可用于构建可降解氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-（2-乙基-6-甲基苯基）乙酰胺、除草剂敌稗的转基因作物，也可用于土壤、水体中氯代乙酰胺类除草剂中间体2-氯-N-（2-乙基-6-甲基苯基）乙酰胺、除草剂敌稗的残留的去除及新型药物合成的生物转化，具有非常重要的理论和应用价值。