本发明公开了一种利用浅层培养生产藏红花微球茎的方法，该方法包括(1)培养容器灭菌；(2)外植体的获得及灭菌处理；(3)浅层培养的外植体的制备；(4)浅层培养；(A)丛生芽诱导；(B)微球茎形成；浅层培养阶段又分丛生芽诱导和微球茎形成两个过程。由于浅层培养采用的液体培养模式，培养体更易吸收培养基中的营养成分，所以种苗生长快，缩短了微球茎生产时间；同时浅层培养操作简单，成本低，更容易实现规模化和工业化生产。