本发明属于环境工程技术领域，涉及一种潜流人工湿地组合系统及其应用。该湿地组合系统包括三个湿地单元(16、17、18)，所述的湿地单元包括湿地单元框架(13、14、15)、布水管(1、3、5)、集水管(2、4、6)、进水管(19)、连接管(20、21)、出水阀(7)、出水竖管(8)和虹吸管(9)，所述的湿地单元(16、17、18)间通过集水管(2、4、6)或布水管(1、3、5)相连，所述湿地单元(16、17、18)内填充有基质(10、11、12)，所述的三个湿地单元垂直分布呈逐级落差状。本发明具有地形适应性强、对水体具有较好脱氮除磷效果、不易堵塞、运行维护管理方便、工程基建与运转费用低等优点。