本发明公开了一种畜禽养殖废水处理方法，包括以下步骤：1、对沼气/厌氧出水的废水进行初次沉淀处理，以去除沼渣、调节废水容量；2、废水进入固氮反应池按进水量的0.01％-0.1％加入固氮剂并搅拌混合进行固氮反应；3、固氮后的废水进入生物酶反应池，加入微生物酶，并利用风机对废水进行生物酶处理，以降低废水中的CODcr和氨氮，再进入二沉池进行二次沉淀；4、利用高频控制发生器和放电极板进一步降低废水中的CODcr和氨氮，同时对水体进行灭菌消毒。用本发明方法处理畜禽养殖废水可达到国家污水综合排放标准一级要求。