本发明公开了一种高浓度发酵制备生物絮凝剂的方法，属于生物工程领域。本发明选用微球菌DS16为生物絮凝剂的生产菌种，采用菌量优势方式的高浓度发酵生产用于水质净化的生物絮凝剂。制备过程包括生产菌种制备、发酵液制备、发酵液预处理、产品提取。制备的生物絮凝剂无毒、无害，具有生物可降解性，可安全、高效地应用于分离去除污染废水中的重金属和其它污染物质，使用无二次污染。本发明高浓度发酵制备生物絮凝剂的方法具有生产成本低，可进行大规模生产，发酵产量高(产量≥2.0％)和产品活性高(每克粉状产品能够从水中分离去除700克污染物)等特点。