本发明公开了一种富营养水体底泥磷素削控的方法，所述方法为：将盐度调控剂水溶液加在富营养化水体的底泥-上覆水界面的底泥表面，盐度调控剂水解形成氢氧根和金属离子，通过竞争吸附将底泥中弱结合态磷置换出来，从而实现富营养水体底泥磷素的削控；本发明方法为可实现原位操作的浅水水体底泥磷削控方法，彻底解决因治理时效性差导致的水体底泥弱结合态磷释放而带来的内源性富营养化污染；本发明治理成本低，处理效果明显，可实现原位操作，是目前实现控制内源性富营养化污染较为有效的前处理技术，具有重要且广泛的应用前景。