本发明提供了一种微生物絮凝剂的制备方法，步骤包括：将枯草芽孢杆菌进行有氧扩大培养，将发酵液过滤，上清液减压蒸发浓缩，得到发酵浓缩液，提取并干燥，得到微生物絮凝剂；或将滤饼用海藻酸钠和聚乙烯醇固定化，制得固定化的微生物絮凝剂。微生物絮凝剂对地下岩溶水的矿化度絮凝率达到36.92％左右，硬度絮凝率最大可达80.44％左右；固定化微生物絮凝剂对地下岩溶水的矿化度絮凝率达到42％左右，硬度絮凝率最大可达81％左右。本发明絮凝剂制备工艺简单、适合大规模生产，其制备的微生物絮凝剂絮凝活性高、无二次污染。