本发明公开了一种高盐度、高氨氮废水处理方法，该方法采用间歇活性污泥法，通过交替提高培养液盐度或氨氮浓度的方法进行硝化污泥的富集，经过驯化得到耐高盐和耐高氨氮的硝化细菌，驯化的高效硝化菌能够处理500mg/L浓度氨氮、含盐量35g/L以内的高盐度废水，可使出水氨氮浓度达10mg/L以内，达到国家一级排放标准，对处理化工厂、皮革厂、炼油厂等高盐、高氨氮废水具有很好的效果，可克服现有技术中硝化菌不能同时处理高盐和高氨氮废水的不足，具有重要的经济效应和社会效应。