本发明公开了一种芽孢杆菌及其在降解水华鱼腥藻中的应用，所述芽孢杆菌从农业部都市农业（南方）重点实验室黄化的水华鱼腥藻液中分离筛选获得，命名为芽孢杆菌Bacillus SSAL-6，已于2012年6月6日保存在中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏编号：CGMCC No.6195；在自然条件下，芽孢杆菌Bacillus SSAL-6对水华鱼腥藻的降解效果随菌株浓度的增大而增加，当芽孢杆菌的浓度为35%时，对水华鱼腥藻叶绿素a的抑制率可高达96%。本发明所述的芽孢杆菌Bacillus SSAL-6具有良好的溶藻效应，能够有效地降解水华鱼腥藻，对水体富营养化的控制提供了有效手段，为利用微生物治理水华提供了重要的方法。