本发明公开了一种利用底泥生物制剂修复微污染水体的方法。方法按照下述步骤进行：首先采取逐步减低营养物浓度的方式富集驯化异养硝化菌，使异养硝化菌成为优势菌群；接着采取逐步减低营养物浓度的方式富集驯化好氧反硝化菌，使好氧反硝化菌成为优势菌群；然后将驯化好的硝化及反硝化底泥按照水质的不同进行复配，获得底泥生物制剂；最后将制备好的底泥生物制剂投入到微污染水体，采用底泥生物制剂对微污染水体进行原位修复。方法中所用的生物制剂菌源来自于待处理水体底泥，对环境适应能力强，处理效果好；采取该方法能够同步除碳脱氮，改善微污染水体水质，防治水体发生富营养化；同时方法具有良好的生物安全性，生态风险低。