本发明涉及一种超高温灭菌器及其用途，主要解决现有技术存在蒸汽能耗大，易造成二次污染，灭菌终点不能有效控制，热污染影响环境的问题。本发明通过采用包括预热区、灭菌区、保温区和冷却区；各区之间采用卡箍式连接；预热区、灭菌区和保温区均为可通入蒸汽加热的容器或用夹套加热的管式设备；冷却区为用夹套冷却的管式设备的技术方案较好地解决了该问题，可用于处理生物制药废水的工业生产中。