本发明公开了一种处理柑橘罐头果胶废水的方法。采用机械格栅和混凝沉淀、曝气气浮与微生物深度处理相结合的方法，其中微生物深度处理过程中向微生物反应池中投加了一种真菌简青霉的成熟菌体，在简青霉成熟菌体产生的果胶酶的催化作用下，废水中的果胶降解为小分子有机物半乳糖醛酸和半乳糖醛酸甲酯，简青霉对果胶的最高降解效率为97.4%；同时简青霉对废水COD_Cr的降解也具有很好的效果，对COD_Cr的最高降解效率为89.9%；经过此工艺流程，废水的有机物含量和粘度很低，达到了《污水综合排放标准》GB8978-1996二级排放标准，实现达标排放。该工艺具有能耗低，工艺操作简单，同时不会引起二次污染等优点。